A massa celular interna é referente ao conjunto de células que estão dentro do blastocisto. Esta camada de células dá origem às estruturas definitivas do feto. As células do pluriblasto são células estaminais pluripotentes, ou seja podem dar origem a todas as linhas celulares (mesoderme, endoderme e ectoderme), sendo conhecidas também por serem a origem das células estaminais embrionárias.