A endoderme é uma das camadas de células que constitui o embrião em desenvolvimento (mesoderme, ectoderme e endoderme), sendo esta a camada interna. Tal como as restantes duas camadas, a endoderme é formada no estádio de gástrula do embrião. Esta camada de células dá origem a parte do trato gastrointestinal, do trato respiratório, do sistema urinário e a parte do epitélio do sistema auditivo.